Добрый вечер!
Вариант первый. Корчевание сухих пней в нашей стране не наказуемо. А вот, если соседям не понравится, что Вы ставите во дворе машину, и они начнут писать на Вас жалобы в различные инстанции, тогда на Вас вполне могут наложить штраф за парковку машины в неположенном месте.
Вариант второй. Если все же пенек-то не сухой, а на нем пробиваются молодые веточки с листочками, то лучше оставить все как есть. Иначе Вам будут грозить сразу два штрафа - за несанкционированную вырубку деревьев, ну и за парковку машины в неположенном месте, разумеется.