Здравствуйте!
Во-первых, без такого дополнения переработки Вам могли не оплачивать, ссылаясь на отсутствие такого пункта в трудовом договоре.
Во-вторых, при наличии такого пункта в договоре и письменного приказа директора о том, что такому-то сотруднику предписывается в дополнение к рабочему дню отработать дополнительное количество часов, дополнительные часы плюсуются к основным и оплачиваются.
В-третьих, следует учесть, что в неделю может быть не более 6 дополнительных часов. Соответственно, если у Вас их набирается больше (или письменный приказ руководства о предписании отработать дополнительные часы отсутствует), то переработка свыше 6 часов в неделю оплачена не будет (при отсутствии вышеозначенного приказа дополнительные часы вообще не будут оплачены) в силу того, что она будет считаться личной инициативой сотрудника. А личные инициативы, как известно, не оплачиваются.